Explikation

2004-01-31

Spirit kommer att funka igen

NASA tror att de kommer att få igång Sprit med full kapacitet så att forskarna kan börja leka med sin robotbil på Mars igen. (Hmm, fick de inte radiostyrda bilar när de svar små ;)

Från Slashdot

2004-01-30

Förutsättningar för seriöst tankearbete

På My Computational Complexity Web Log skriver Scott Aaronson om Ingredients for Serious Thought. Vad är förutsättningarna för att kunna sätta sig ner och tänka koncentrerat en längre stund. Jag gillar det med att inte ha internettillgång. Alltför ofta märker jag att jag skall bara kolla den där websidan också...

2004-01-29

Fuska eller förlora jobbet

En insändare i senaste numret av Nature diskuterar effekterna av den stora konkurrensen mellan forskare. Författaren menar att effekten av att fabricera data eller göra tvivelaktig forskning (avsked) är densamma som att inte producera tillräckligt mycket artiklar (inget jobb). Detta får konsekvensen att tillräckligt med kontrollförsök inte blir gjorda och att forskare snarare rapporterar gissningar än resultat. Och detta upptäcks inte, för vem har väl egentligen tid att upprepa andras försök?

Läs insändaren i Nature.

Pistoler och rosor

Ett danskt forskarlag vid Köpenhamns universitet har utvecklat en genetiskt modifierad växt som ska kunna detektera landminor, enligt en artikel i Natures webbupplaga. Forskarna har tagit ett pigment som vanligtvis gör växtens blad röda på hösten och låter det istället reagera på kvävedioxid, vilket utsöndras i små mängder av en mina. Tanken är att man ska plantera dessa växter på ett minfält och sedan röja minor överallt där det är rött.

Mer info hos Nature.

Meteor träffade Jokkmokk

Kablam! Sveriges kraftigaste meteornedslag på minst tjugo år inträffade nära Jokkmokk lördagen den 17 januari. Explosionen motsvarade över 100 kilo av sprängämnet trotyl.

"Fyra olika mätstationer registrerade tryckvågen. De känsliga mikrofonerna vid stationerna i Kiruna, Luleå och Lycksele blev överbelastade av smällen och kunde inte registrera några mätvärden. Men stationen i Uppsala - 74 mil från nedslagsplatsen - lyckades mäta ljudtrycket."

2004-01-28

Stamcellsfotografi

Stamcellerna skulle för några år sedan bota alla våra sjukdomar, från mjäll till nageltrång. Löfena infriades dock inte, jag är i alla fall sjuk lika ofta nu som för fem år sedan. Detta innebär inte att stamcellerna helt har räknats bort från listan över framtida superläkemedel, men man har nog börjat förstå hur lite vi egentligen vet om dem.

I en artikel i Magnetic Resonance in Medicine beskriver Walter et al en metod för att följa vad som händer med muskelstamceller inne i kroppen utan att man behöver skära ut dem och titta. Man använder en magnetkamera och järn som cellmarkör. Förhoppningen är att denna metod kan hjälpa forskningen runt stamceller som behandling mot muskelsjukdomar.

Arikeln heter Magnetic Resonance in Medicine 51(2):273-277.

Bordtennisbollslavin

Från Slashdot. Hur studerar man dynamiken i en lavin? Bygg en backe, släpp ut 300000 bordtennisbollar och börja filma. Släng dig i backen bollhavet på IKEA.

2004-01-27

Kunskap kostar

Enligt BBC News har Storbritanniens underhus idag röstat för ett förslag att låta universiteten ta ut en avgift av sina studenter. Avgiften ska ligga på 3000 pund och är inkomstprövad. Detta har lett till oro för att medelinkomsttagare kommer att få problem att studera, men en överenskommelse fattades om att göra en utredning av detta.

Detta är inte heller något nytt element i Sverige, att avgiftsbelägga högre studier är något som redan har diskuterats i riksdagen. Frågan är om det ens behövs en utredning för att fastslå att en sådan avgift går stick i stäv mot regeringens idéer om mångfald på högskolan.

Universal Rule fick jag se att BusinessWeek har en artikel om The Healthy Promise of Biochips. Nu börjar nästa generationens biologi visa sig också i affärsvärlden.

2004-01-26

Vetenskapsnyheter

Datorsajten Ars Technica har varje vecka Science Sunday. Vill man hämta in veckans vetenskapshändelser på ett smidigt sätt så kan man kolla där (samt självklart hålla sig uppdaterad på Explikation)

Mer serier: Berglin och marslandaren

Berglin är inte sen att fundera på det här med marslandare

Marslandaren Spirit hade tappat minnet.

NASA har fått igång Spirit igen. Verkar ha varit fel på ett flashminne. De skall försöka köra igång Spirit utan att använda det minnet. Undrar om NASA får ett nytt minne och frakten betald av tillverkaren?

2004-01-23

Vatten upptäckt

Vad är det som är rött, blött och synnerligen ogästvänligt för robotar? Explikation återvänder till utforskandet av Mars.

ESA offentliggjorde idag att man med två olika instrument har hittat bevis på att det finns vatten på Mars. Visserligen i fruset tillstånd, men det är ändå en stor framgång för de som letar efter liv där. Samtidigt verkar det som att NASA har problem med sin marslandare (vilket ju också hände ESA). Man har inte lyckats få den att skicka några data tillbaka till jorden sedan i onsdags, men igår meddelades det att man i alla fall har lyckats få den att svara på vad som är motsvarigheten till internets ping. Fortfarande ingen information om någonting, men den fungerar i alla fall.

Både ESA och NASA publicerar pressmeddelanden på löpande band.

Så här funkar världen, distribuerade beräkningar?

Nature berättar om att växter använder sig av distribuerade beräkningar (distributed computing) för att räkna ut hur de skall ta upp och släppa ut gaser. "'distributed computation' - a kind of information processing that involves communication between many interacting units". Samma sätt att räkna används av myror för att räkna ut var maten finns och Stephen Wolfram "argued that the laws of physics might arise from units of matter, space and time interacting with one another according to simple rules"

Uppmärksammat också av Roland Piquepaille och Slashdot. På Slashdot har det som vanligt dykt upp skämt som:

Do they call the computing nodes....
...leaf nodes?

och

Distributed computing plants?
Imagine a Beowulf cluster of trees...

Lost in place skrev på Slashdot:

If this story were published in ___ it would be titled ___

1790: Plants and their Hidden Telegraphs!
1870: Do Plants Talk to Each Other on Leafy Telephones?
1962: Plants and their Invisible DEW Lines
1990: Plants have their Own Secret Internet!
2004: Do Plants Practice Grid Computing?
2010: Do Plants Engage in CyberBiphrenistic Nano-Spatulation?

och det kanske ligger en poäng i det, växterna har gjort det först. Vi försöker bara knappa in på deras försprång.

2004-01-22

10 teknologier som kommer att ändra på världen.

Technology review listar 10 områden som kommer att påverka våra liv i framtiden. Känns bra att man är med och räknar inom tre av dem, bayesiansk maskininlärning, syntetisk biologi och RNA interference.

Universal Translation
Synthetic Biology
Nanowires
Bayesian Machine Learning
T-Rays
Distributed Storage
RNA Interference
Power Grid Control
Microfluidic Optical Fibers
Personal Genomics

2004-01-21

Artikelfrossa

De senaste åren har allt fler vetenskapliga tidskrifter börjat publicera sitt material elektroniskt tillsammans med den tryckta versionen. Detta har underlättat tillgängligheten till material i väldigt hög grad för forskare. Tyvärr har inte alla tidskrifter detta alternativ än, dessutom prenumererar mitt universitet fortfarande endast oelektroniskt på vissa viktiga tidskrifter som finns elektroniskt. Jag blir lika irriterad varje gång jag måste gå de 25 meterna från mitt kontor bort till biblioteket (en sträcka som ska sättas i relation till de fyra kilometerna jag cyklar hit varje morgon) och själv kopiera en artikel. Detta är också en anledning till att jag knappt har läst en enda artikel skriven före 1997, då PDF började bli vanligt.

I det senaste numret av PNAS gör Carl Bergstrom från University of Washington, Seattle samt Theodore Bergstrom från University of California, Santa Barbara en undersökning av hur mycket universiteten tjänar ekonomiskt på de elektroniska tidskrifterna, speciellt de som säljs tillsammans i paketpris, som exempelvis Elsevier (vilken innehåller några av de största publikationerna). Svaret de kommer fram till är att de kommersiella vinstdrivna förlagen tjänar mycket pengar på det här systemet, lärosätena tjänar däremot på elektroniska prenumerationer på de tidskrifter som drivs av något universitet eller vetenskaplig akademi.

Bergstrom & Bergstrom gör också en uppmaning till universiteten att gå samman och vägra betala de skyhöga priserna som tas ut. Akademiker, förenen eder!

Källa: PNAS 101(3):897-902

Human forskning

Sedan årsskiftet finns sex regionala nämnder som ska göra en etisk prövning av forskning som bedrivs på människor (levande såväl som avlidna) där personuppgifter används eller människan påverkas (fysiskt eller psykiskt) på något sätt. Även material taget från en människa som kan identifieras omfattas. Detta är en uppstramning av arbetet som de lokala forskningsetiska kommittéerna tidigare har utfört, och innebär tydligare riktlinjer för hur forskning på människor ska gå till.

Tyvärr har man byggt in ett moment 22 i systemet: Varje ansökan till en forskningsetisk nämnd kommer att kosta mellan 5000 och 16000 kronor. Man får inga anslag till projekt som inte har godkänts, och man kan alltså inte ansöka innan man har en finansiering. Hur detta ska lösas praktiskt återstår att se.

Mer information på hemsidan.

Vetenskapligt språk

Jag gillar serier+jag är doktorand = jag gillar Piled Higher and Deeper

PhDcomics tar sig an det vetenskapliga språket i artiklar

"Results were found through direct experimentation" = We played around with it until i worked.

Inte bara roligt utan också en tankeställare. Hur bra jobbar man i sin forskning? Är det så att man testar tills det funkar, med lite god vilja så stämmer det med modellen, det här vet vi inte vad det är men ja ja, vi kör på.

2004-01-20

Mars i tre dimensioner


ESA, det europeiska rymdprogrammet, förlorade av någon okänd anledning sin marslandare, men satelliten som samtidigt skickades iväg till den röda planeten fungerar och har börjat skicka sina första bilder tillbaka till jorden. Bilderna, som är högupplösta tredimensionella färgbilder, visar ett landskap fullt av berg, dalgångar och raviner. Enligt kunniga geologer har formationerna troligtvis skapats av underjordiska glaciärer. Tänka sig.

ESAs för närvarande totalt överbelastade hemsida hittas här.
Bilden till vänster är producerad av ESA/DLR/FU Berlin (G. Neukum)

Forskarutbildning för framtiden

Högskoleverket anordnar en konferens om forskarutbildningens framtid den 4 februari. De skall bland annat prata om undersökningen Doktorandspegeln och den på Explikation tidigare nämnda forskarutbildningsutredningen.

En av mina favoriter, Bengt Gustafsson, professor, astronomi
och rymdfysik i Uppsala skall prata om "Forskarutbildning till forskarbildning? eller ”Kan så’na där verkligen utbilda
så’na där?”"

2004-01-19

NO problem

Kväveoxid (NO) kom som ett stjärnskott på molekylhimlen för ett tjugotal år sedan. Innan dess ansåg man att den mest irriterade luftvägar hos människor som vistas i tungt trafikerade miljöer, men plötsligt upptäcktes det att NO är en mycket viktig signalmolekyl i många system i kroppen.

Men allt är inte frid och fröjd ändå. NO är fortfarande potentiellt skadlig, och man har på senare år börjat fråga sig om inte NO skulle kunna vara ansvarig för nedbrytande av nervceller hos äldre. Det har också visats i studier att koncentrationen av NO är högre i äldre hjärnor.

Liu et al har använt råttor för att undersöka detta närmre. De har i en studie som kommer att publiceras i Neurobiology of Aging visat att det enzym som producerar NO ökar sin aktivitet i prefrontalcortex (de främre delarna av hjärnan) hos äldre råttor. Prefrontalcortex är viktig för funktioner som minne, språk och tänkande, och problem med dessa är ju tidiga tecken på demens.

2004-01-16

Gäckande virus

Viruset Ebola har drabbat västra Afrika med flera epidemier sedan 1976. Bara de senaste två åren har det förekommit minst fem epidemier med 264 döda. Trots att viruset är isolerat och identifierat är det fortfarande okänt vilket djur som är naturlig bärare av viruset och därmed källan till utbrotten. Man har kunnat se att åtminstone de allra flesta epidemier har startat genom att en människa har rört vid en apa som har dött av virussjukdomen. Detta leder givetvis misstankarna mot aporna.

I det senaste numret av Science skriver Leroy et al om att analyser av virus från olika omgångar av epidemier visar att de olika virusstammarna (fyra stycken) är mycket stabila genetiskt hos människor. Detta innebär att primater troligtvis har blivit smittade i flera omgångar från någon annan källa, aporna bör därmed inte vara den naturliga bäraren. Men vem som är boven i dramat är alltså fortfarande okänt.

Källa: Science 303(5656):387-390

Royal Society vill inte ha gemensamma forskningspengar

Royal Society , den brittiska vetenskapsakademien, publicerade igår en skrivelse där de argumenterar mot inrättandet av ett gemensamt forskningsråd i EU. Förslaget är att en sådan skulle distribuera pengar från en fond till de bästa forskarna i Europa. Royal Society ser dock inga fördelar med detta, utan argumenterar för att det istället behövs bättre kommunikation och rörlighet mellan forskare i olika länder.

Mer information finns i denna pressrelease.

2004-01-15

Teknik som vi faktiskt vill ha

Daniel Fällman vid Umeå Universitet disputerar nästa fredag (040123) med avhandlingen "Med mobil interaktion som material: En fenomenologisk ansats till design av mobil informationsteknik." Fällman har visat att användarens önskemål om vad en mobiltelefon eller handdator ska kunna göra inte direkt överensstämmer med vad de faktiskt är tillverkade till. Tillverkare försöker klämma in så mycket som möjligt för att få våra telefoner att vara som våra datorer, men många användare önskar snarare att telefonerna är telefoner och inte en röra av funktioner som ändå inte används.

Jag hoppas att Fällman skickar sin avhandling till ett antal mobiltelefontillverkare.

Källa: Umeå Universitet

2004-01-14

Forskningsfusk i fokus

Återigen misstänks en framstående forskare för att ha fabricerat data. Det är professor Ranjit Kumar Chandra som under sin tid vid Memorial University of Newfoundland i Canada publicerade en artikel i tidskriften Nutrition. Samma artikel hade blivit refuserad av British Medical Journal med flera allvarliga anmärkningar, en av kommentarerna är att data i undersökningen visar "alla tecken på att vara helt och hållet fabricerade".

Artikeln i fråga är en klinisk prövning av ett kosttillskott, som Chandra föga förvånande har patent på, resultatet visar att detta kosttillskott kan fördröja Alzheimers. Chandra har dock inte varit villig att visa upp sina rådata från studien utan har hävdat att de har försvunnit. Affären har givetvis givit upphop till tvivel på riktigheten i Chandras tidigare artiklar, vilka uppgår till ungefär 200.

Chandras tid som forskare är helt säkert över. Men ingen vet hur mycket forskning som är baserat på hans tvivelaktiga resultat.

Källa: BMJ

Dömd eller inte?

Den 12:e januari rapporterade Explikation om rättegången mot Thomas Butler, vilken har fått stor uppmärksamhet i vetenskapsvärlden. Inlägget var mest ett test så allt fungerade på vår nya blog, men har uppmärksammats av bloggen Det perfekta tomrummet, där det i en kommentar hävdas att inlägget här är felaktigt. Tills vi har fått igång en sida med möjlighet att kommentera kan diskussionen föras där.

Både Nature och Science har insikter i frågan.

040115 Förtydligande:
Det är inte Det Perfekta Tomrummet som kritiserar Explikations inlägg om Butler, utan en läsare. Så blir det inga missförstånd om detta.

Tack för glada tillrop

Vi har blivit uppmärksammade Gustav och Erik. Kul att få en sådan uppmuntrande start!

2004-01-13

Hjärnan som ett litet samhälle

Vänskapsförhållanden i ett samhälle är ett komplext nätverk. Om man tar två godtyckliga personer ur detta samhälle, kommer avståndet i nätverket (a känner b som känner c osv) att vara mycket litet, sällan över sex steg. Detta är en känd princip inom sociologin och nätverk som fungerar så brukar kallas "small-world network". Med en matematisk modell över hur dessa nätverk är uppbyggda har det visats att principen för dem återfinns i många sammanhang.

I det senaste numret av Neuroscience Letters visar C. J. Stam från VU Medical Center i Amsterdam att sociologiska principer även kan användas i neurovetenskapen. Med hjälp av magnetoencefalogram (MEG) har han testat hjärnans grundrytmer mot modellen av small-world network och funnit att hjärnan i vissa avseenden bör vara uppbyggd på detta sätt, i andra avseenden inte.

Nervcellerna i hjärnan fungerar både tillsammans och avgränsat. Stams upptäckt kan vara en ledtråd till hur denna självmotsägelse skapar en fungerande enhet. Och är om man tänker på det en kul bild av samhället som en stor hjärna. Gaiahypotesen, någon?

Källa: Neuroscience Letters 355 (2004): 25-28

Bioinformatik för dummies


Eftersom jag håller på med bioinformatikforskning så tycker jag att det här är rätt roligt: Bioinformatics for dummies!

Den lovar mycket, "It's like having access to the world's largest lab, right from your desk. This book is your lab assistant ", men jag tror nog att den mest kan vara en introduktion till området. Det är inte bara att sätta sig framför datorn och göra en sökning. Bioinformatiska problem kräver ofta kunskap från och samarbete över många områden, biologi, datalogi och statistik, för att problemlösningarna skall bli bra.

2004-01-12

Ingen dom för att slarva bort bakterier

I början av 2002 anklagades den amerikanske forskaren i mikrobiologi Thomas Butler för ett antal brott mot lagen om handhavande av biologiskt material. Butler forskar kring bakterien Yersinia pestis, vilken tros ha orsakat pestepedemierna i världen de senaste 650 åren. Trots de strikta lagar om hur sådant material ska hanteras har bakterieodlingar försvunnit från Butlers labb och transporterats över nationsgränser endast uppmärkta som "labbmaterial".
Åtalet mot honom har startat en diskussion om hanteringen av dödligt biologiskt material bland forskare över hela världen. De som stöder Butlers handlande hävdar att dagens lagar hindrar forskningen och att bryta mot dem är det enda sättet att kunna forska kring potentiella biologiska vapen. Andra hävdar att lagarna måste efterlevas för att hindra att bakterier som Yersinia pestis hamnar i terroristers händer.
I december 2003 friades Butler från alla åtalspunkter rörande hanteringen av bakterierna (han fälldes dock för några felaktigheter i pappersarbetet). Men diskussionen om hur man ska hantera dödliga mikroorganismer fortsätter.

Källa: Nature

Kalle och Hobbe om vetenskap

MyLabIsOnFire tar upp Kalles (i Kalle och Hobbe) syn på vetenskaplig namngivning. Hur kan man kalla Big Bang för något så tråkigt som Big Bang och inte något bra som "the horrendous space kablooie"?

Kalle har även en intressant vetenskapsteoretisk diskussion med Susie på skollunchen. "Curiosity is the essence of the scientific mind" inleder han med. Vad händer om man suger IN mjölk i näsan när man skrattar?

Calvin and Hobbes at Martijn's verkar ha en väldigt bra sökfunktion på Kalle och Hobbe-strippar.


2004-01-11

Finansiering av doktorander

Några doktorander från forskarskolan Forum Scientium var och träffade en av utredarna i regeringens forskarutbildningsutredning . De berättade om hur vår forskarskola fungerar och fick veta mer om hur utredningens förslag kommer att se ut (presenteras i mars 04). Bland annat vill de minska den externa finansieringen för doktorander, se till att doktorandtjänster utannonseras så att många söker dem och att man väljer den mest lämpade samt fokusera mer på doktorandtiden som en utbildning. Rekryteringsfrågan kan bli svår att få igenom då de flesta tjänster redan är "tillsatta" av exjobbare/projektjobbare när de annonseras.

2004-01-09

Mer om Powerpoint

Aaron Swartz har på sin weblog gjort en PowerPoint Remix av Edward R. Tuftes bok The Cognitive Style of PowerPoint

T.ex

Dilutes Thought


  • bullets make us stupid

    • too generic
    • omit relationships
    • omit assumptions
    • omit subjects, verbs

Presentationsteknik

Blind höna skriver om att Powerpoint gör oss dumma. Genom att försöka få in så mycket information som möjligt i fina bilder så blir det i stället oförståeligt. Känns som att det inte bara är själva formatet som gör presentationer sämre. Wired nämner i en artikel om vetenskaps-TV Brian Alexanders bok How Biotech Became the New Religion där han beskriver ett vetenskapligt föredrag på ett träffande sätt.

"The talks almost always take place in the dark," "During the first 10 minutes, the scientist-presenter fumbles with a bulky laptop computer in an effort to get the PowerPoint program to work. During the nonext 30 minutes, the scientist, who has never been trained in the art of public speaking, explains, often through a very thick Chinese, German, French or Italian accent, why the mass of pinkish cells on the right is the surprising and highly significant result of the procedure performed on the almost identical mass of pinkish cells on the left. Line graphs are shown"


Känner igen det där, datorstrul, nedsläckt rum, man ser knappt talaren som försöker gå igenom alldeles för många bilder på den tid han fått tilldelad. Oftast verkar det som att doktorander är bättre än seniora forskare. De är mer förberedda, håller tiden och har ansträngt sig för att förklara på ett vettigt sätt.

2004-01-08

en första post